Clase de protozoos del subgénero Ciliophora, caracterizados por la presencia de cilios en todo su ciclo vital (cilióforos); el parásito intestinal Balantidium coli, causa la disentería. Los Ciliados son un nombre común para un grupo avanzado de protistas que se caracterizan por presentar unas prolongaciones semejantes a pelos (cilios), al menos en alguna fase de su ciclo vital. Casi todas las especies son heterótrofas. Viven en aguas dulces y marinas. El paramecio (género Paramecium) es un representante típico de este grupo. Otras ciliados llamativos son Stentor sp., que tiene forma de trompeta y posee un macronúcleo en forma de rosario; Vorticella sp., con forma de campana y unido al sustrajo por un pedúnculo; Euplotes sp., que posee grupos de cilios unidos (cirros) en el lado inferior de su cuerpo, que funcionan como patas locomotoras; y Paracineta sp., que tiene, en su forma adulta, tentáculos en vez de cilios y vive fijo al fondo. Los ciliados presentan, por tanto, una gran variedad de formas corporales. Muchos son solitarios y móviles, pero otros se adhieren al sustrato por una especie de tallo o pedúnculo. Unos pocos forman colonias. La mayoría son de vida libre pero también hay especies comensales y parásitas. Muchos ciliados viven como comensales en el intestino de los herbívoros. Dentro de las formas parásitas, solo una vive en el intestino humano, causando una inflamación denominada balantidiasis.
Pertenecen al grupo de los Alveolados y están emparentados con dinoflagelados y apicomplejos. Poseen unas cavidades rodeadas de membrana debajo de la membrana plasmática que rodea la célula. Esta capa, formada por la membrana externa y la capa de sacos membranosos, recibe el nombre de película. Algunos ciliados tienen en la película unas estructuras defensivas llamadas tricocistos. Cuando son amenazados, los tricocistos disparan unos filamentos largos hacia delante. Los ciliados son los únicos organismos unicelulares con dos tipos de núcleos: el macronúcleo (poseen uno o varios), que controla la actividad celular, y el micronúcleo (poseen uno o varios), que resulta esencial para llevar a cabo la recombinación génica. Casi todos los ciliados poseen una boca o citostoma que puede ser una simple abertura o estar conectada con la citofaringe o tubo ciliado. Presentan vacuolas digestivas, que contienen enzimas encargadas de digerir el alimento, y vacuolas contráctiles, que expulsan el exceso de agua que entra en la célula.
Los ciliados se reproducen asexualmente mediante fisión binaria. El micronúcleo se divide por mitosis pero el macronúcleo se divide sin mitosis. También se pueden reproducir sexualmente mediante conjugación. En este proceso dos ciliados se pegan uno junto a otro y cada célula forma dos micronúcleos haploides. Después, cada célula intercambia con la otra un micronúcleo, de manera que como resultado de la conjugación cada célula termina con un micronúcleo haploide suyo y otro proveniente de la otra célula. Estos dos micronúcleos se fusionan para formar un micronúcleo diploide, a partir del cual se forma un nuevo macronúcleo.